Η Ε.Ε.Κ. διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο που εκλέγεται από τα μέλη της με άμεση ψηφοφορία ανά δύο έτη.
15ο Διοικητικό Συμβούλιο 2024-2025
| Πρόεδρος | Χατζηαντωνίου Σοφία |
| Αντιπρόεδρος | Βασιλάτου Κατερίνα |
| Γραμματέας | Παπασπύρου Σοφία |
| Ταμίας | Σκουτέλη Ελίζα |
| Σύμβουλος – Εκπρόσωπος IFSCC | Καπετανστρατάκης Ιωάννης |
| Σύμβουλος – Υπεύθυνος Δημοσίων Σχέσεων | Προύντζου Μαριλένα |
| Σύμβουλος – Υπεύθυνος Επιμόρφωσης | Πατέρα Άννα |
Προηγούμενα Διοικητικά Συμβούλια
14ο Διοικητικό Συμβούλιο 2021-2023
| Πρόεδρος | Χατζηαντωνίου Σοφία |
| Αντιπρόεδρος | Χαλμπές Στέφανος |
| Γραμματέας | Παπασπύρου Σοφία |
| Ταμίας | Σκουτέλη Ελίζα |
| Σύμβουλος – Εκπρόσωπος IFSCC | Καπετανστρατάκης Ιωάννης |
| Σύμβουλος – Υπεύθυνος Δημοσίων Σχέσεων | Βασιλάτου Αικατερίνη |
| Σύμβουλος – Υπεύθυνος Επιμόρφωσης | Πατέρα Άννα |
13ο Διοικητικό Συμβούλιο 2019-2021
| Πρόεδρος | Χατζηαντωνίου Σοφία |
| Αντιπρόεδρος | Χαλμπές Στέφανος |
| Γραμματέας | Παπασπύρου Σοφία |
| Ταμίας | Σκουτέλη Ελίζα |
| Σύμβουλος – Εκπρόσωπος IFSCC | Καπετανστρατάκης Ιωάννης |
| Σύμβουλος – Υπεύθυνος Δημοσίων Σχέσεων | Βασιλάτου Αικατερίνη |
| Σύμβουλος – Υπεύθυνος Επιμόρφωσης | Καραμάνου Μαριάννα |
12ο Διοικητικό Συμβούλιο 2017-2019
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Σοφία Χατζηαντωνίου |
| Γραμματέας | Σοφία Παπασπύρου |
| Ταμίας | Καπετανστρατάκης Ιωάννης |
| Σύμβουλος | Αικατερίνη Βασιλάτου |
| Σύμβουλος | Στέφανος Χαλμπές |
| Σύμβουλος | Παρασκευάς Δάλλας |
11ο Διοικητικό Συμβούλιο 2015-2017
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Σοφία Χατζηαντωνίου |
| Γραμματέας | Άννα Πατέρα |
| Ταμίας | Δημήτριος Μελισσός |
| Σύμβουλος | Αικατερίνη Βασιλάτου |
| Σύμβουλος | Στέφανος Χαλμπές |
| Σύμβουλος | Παρασκευάς Δάλλας |
10ο Διοικητικό Συμβούλιο 2013-2015
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Σοφία Χατζηαντωνίου |
| Γραμματέας | Άννα Πατέρα |
| Ταμίας | Δημήτριος Μελισσός |
| Σύμβουλος | Αικατερίνη Βασιλάτου |
| Σύμβουλος | Στέφανος Χαλμπές |
| Σύμβουλος | Παρασκευάς Δάλλας |
9ο Διοικητικό Συμβούλιο 2011-2013
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Σοφία Χατζηαντωνίου |
| Γραμματέας | Άννα Πατέρα |
| Ταμίας | Δημήτριος Μελισσός |
| Σύμβουλος | Ελένη Κομίνη |
| Σύμβουλος | Αικατερίνη Βασιλάτου |
| Σύμβουλος | Μαρία Καπετανίδου |
8ο Διοικητικό Συμβούλιο 2009-2011
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Σοφία Χατζηαντωνίου |
| Γραμματέας | Άννα Πατέρα |
| Ταμίας | Αικατερίνη Βασιλάτου |
| Σύμβουλος | Δάλλας Παρασκευάς |
| Σύμβουλος | Ελένη Κομίνη |
| Σύμβουλος | Δημήτριος Μελισσός |
7ο Διοικητικό Συμβούλιο 2007-2009
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Αλεξάνδρα Κατσαρού |
| Γραμματέας | Άννα Πατέρα |
| Ταμίας | Αικατερίνη Βασιλάτου |
| Σύμβουλος | Τριανταφυλλιά Κόκκαλη* |
| Σύμβουλος | Ελένη Κομίνη |
| Σύμβουλος | Σοφία Χατζηαντωνίου |
| Σύμβουλος | Κωνσταντίνος Δεμέτζος* |
* Μετά τον αιφνίδιο θάνατο της Τριανταφυλλιάς Κόκκαλη στο Δ.Σ. συμμετέχει ο Δρ. Κωνσταντίνος Δεμέτζος.
6ο Διοικητικό Συμβούλιο 2005-2007
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Αλεξάνδρα Κατσαρού |
| Γραμματέας | Σοφία Χατζηαντωνίου |
| Ταμίας | Αικατερίνη Βασιλάτου |
| Σύμβουλος | Κωνσταντίνος Δεμέτζος* |
| Σύμβουλος | Τριανταφυλλιά Κόκκαλη |
| Σύμβουλος | Άννα Πατέρα |
*Μετά τον αιφνίδιο θάνατο του Ταμία της Εταιρείας μας, Κυριάκου Γιαλαντζή τη θέση του Ταμία καταλαμβάνει η κα Τριανταφυλλιά Κόκκαλη ενώ στο Δ.Σ. συμμετέχει ο Δρ. Κωνσταντίνος Δεμέτζος.
5ο Διοικητικό Συμβούλιο 2003-2005
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Αλεξάνδρα Κατσαρού |
| Γραμματέας | Άννα Πατέρα |
| Ταμίας | Κυριάκος Γιαλατζής* |
| Σύμβουλος | Αικατερίνη Βασιλάτου |
| Σύμβουλος | Κωνσταντίνος Δεμέτζος |
| Σύμβουλος | Τρανταφυλλιά Κόκκαλη |
| Σύμβουλος | Σοφία Χατζηαντωνίου |
4ο Διοικητικό Συμβούλιο 2001-2003
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Αλεξάνδρα Κατσαρού |
| Γραμματέας | Τριανταφυλλιά Κόκκαλη |
| Ταμίας | Κυριάκος Γιαλατζής |
| Σύμβουλος | Αικατερίνη Βασιλάτου |
| Σύμβουλος | Εύη Μανέ |
| Σύμβουλος | Σοφία Χατζηαντωνίου |
3ο Διοικητικό Συμβούλιο 1999-2001
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Αλεξάνδρα Κατσαρού |
| Γραμματέας | Τριανταφυλλιά Κόκκαλη |
| Ταμίας | Χαράλαμπος Λαζάρογλου |
| Σύμβουλος | Ελένη Κομίνη* |
| Σύμβουλος | Άννα Πατέρα |
| Σύμβουλος | Γεώργιος Παπαγεωργίου |
| Σύμβουλος | Σοφία Χατζηαντωνίου |
*Η κα Ελένη Κομίνη παραιτείται για προσωπικούς λόγους και τη θέση της καταλαμβάνει η Δρ. Σοφία Χατζηαντωνίου
2ο Διοικητικό Συμβούλιο 1997-1999
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Χαράλαμπος Λαζάρογλου |
| Γραμματέας | Τριανταφυλλιά Κόκκαλη |
| Ταμίας | Νικόλαος Παναγιωτόπουλος |
| Σύμβουλος | Ελένη Κομίνη |
| Σύμβουλος | Άννα Πατέρα |
| Σύμβουλος | Ιωάννης Τσάκας |
1ο Διοικητικό Συμβούλιο 1995-1997*
| Πρόεδρος | Γεώργιος Θ. Παπαϊώαννου |
| Αντιπρόεδρος | Νικόλαος Κουτσιανάς |
| Γραμματέας | Μιχάλης Ράλλης |
| Ταμίας | Τριανταφυλλιά Κόκκαλη |
| Σύμβουλος | Χαράλαμπος Λαζάρογλου |
| Σύμβουλος | Χαρίλαος Τσιτούρης |
| Σύμβουλος | Νικόλαος Παναγιωτόπουλος |
*Το πρώτο ΔΣ ήταν προσωρινό (για ένα έτος)